1958年1月19日 經過數日的預備會后，九三學社第四屆中央委員會第三次全體會議召開。會議的內容是討論“各民主黨派中央關于處理黨派內部右派分子的若干原則規定”，并對中央委員會中的右派分子分別作出社內處分決定；研究如何進一步開展全社整風并作出進一步深入開展全社整風的決定。許德珩致開幕詞。
1958年1月25日 九三學社四屆三次會議通過《關于對中央委員、候補中央委員中的右派分子處分的決定》。處理結果如下：
陳明紹，撤銷中央委員會副秘書長，中央科學文教工作委員會副主任委員、委員，機關檢查委員會委員。
楊肇燫，撤銷中央委員會常務委員，中央委員，機關檢查委員會委員。
周拾祿，撤銷中央委員。
薛愚，撤銷中央委員會常務委員，中央組織部副部長。
袁翰青，撤銷中央委員會常務委員，中央科學文教工作委員會副主任委員。
陸侃如，撤銷中央委員會常務委員，中央委員。
高覺敷，撤銷中央委員。
儲安平，撤銷中央委員，中央宣傳部副部長。
洪濤，撤銷候補中央委員，廣州分社籌委會委員、分社秘書處處長。
顧執中，撤銷社內一切職務（包括候補中央委員、北京市分社常務委員、分社委員、宣傳部部長、第三綜合支社主任委員、支社委員）
漆文定，撤銷社內一切職務（包括候補中央委員、重慶分社委員、分社秘書處副處長）
陳時偉，撤銷社內一切職務（包括中央委員、蘭州分社主任委員、分社委員）
在反右斗爭中，大批九三學社的領導和成員被打成右派。除了上述成員外，還有樓邦彥、董渭川、孟昭英、吳藻溪、雷海宗、啟功、程千帆、屈伸、顧學頡、秦瓚、周拾祿、王恒守、彭光欽、惲震、傅筑夫等一大批著名專家。
九三學社中央整風工作委員會向四屆三中全會所作的報告《在反右派斗爭勝利的基礎上掀起一股般整風的高潮》中說：“半年多來，全社揪出了右派分子649人，占據社員總數的10.4％。其中中央委員13人，占中委的15.8％，分社委員75人，占分社委員總數的19.9％。”
1958年3月1日 九三學社在北京中央委員分組討論，醞釀向全國科學、文教、醫藥衛生、工程技術界發起社會主義競賽。經過兩次討論，許德珩等37位專家學者向會議提出《社會主義競賽決心書》：“在全國工人、農民、知識分子熱火朝天的社會主義大躍進中，我們參加九三學社中央整風的同志們深受鼓舞。我們決心做左派，決心做又紅又專，更紅更專的工人階級的知識分子，把心交給黨，把知識交給人民。現在提出五項奮斗目標，向全體社員、兄弟黨派以及全國科學文教、醫藥衛生、工程技術界的同志們，發起社會主義競賽。”
1958年3月12日晚，九三學社中央和北京市分社在全國政協禮堂召開“自我改造大躍進誓師大會”，在北京中央委員和北京市社員660余人參加。許德珩主持并并致辭。
1958年5月11日 九三學社蘇州分社成立，陳志安任主委，許國梁、陳王善繼、張曉江任副主委。
1958年11月28日—12月15日 九三學社召開了社的第二屆全國社員代表大會，通過了《九三學社改造規劃》，選出社的第五屆中央委員會。許德珩任主席；梁希、周培源、潘菽、茅以升、涂長望、嚴濟慈任副主席；干鐸、方亮等26人任中央常務委員會委員；孫承佩任秘書長，裴文中、李毅任副秘書長。 決定社刊《九三社訊》改刊為《紅專》。
1958年 九三學社南昌直屬小組成立，薛士良任組長。
1958年12月10日 梁希逝世。梁希（1883—1958），原名爔，浙江湖州市人，森林學家，教育家，九三學社創始人之一，新中國第一任林業部長，中華全國科學技術普及協會主席，中科院學部委員，全國人大代表，全國政協常委，九三學社中央第一屆監事，第二、三、四、五屆中央副主席。
