全國政協常委、九三學社中央副主席馮培恩在提交政協十屆四次會議的大會書面發言中就增強我國自主創新能力，建設創新型國家提出三點建議。
第一，進一步提高科技投入效益。大多數輿論一開始就把我們自主創新能力不夠強的首要原因或瓶頸問題歸結為投入不足。與發達國家相比，確有道理。不過，展望今后，在國家和各級地方政府連續、顯著地加大投入的情況下，問題轉移到了另一方面，即是否只要把科技投入增長到足夠大的程度，我國的自主創新能力就自然會增強到國家預期的2010或2020年的目標？未必盡然。有的地區或者行業近年的科技投入和企業研發投入增長很快，已經進入全國前列，也取得了一定成效，但是自主創新能力在全國的地位，在總體上或實質方面還不在全國前列。這雖然與基礎和歷史有密切關系，不過如何進一步提高投入的全面效益，也就是說怎么更有效地用好投入，使其產生盡可能大、盡可能多的效益，也是值得注意的。換言之，就是關注如何把科技研發費用到刀刃上；具體地說，如何使規劃過程更加科學，立項過程更加公正，避免或減少經費用錯地方，例如給了不值得上的項目，或者項目范圍和重點確定不當，或者即使規劃很好的項目卻給了經驗和能力不夠的承擔者，甚至給了一些不負責任或不守信用的承擔者。要嚴格監督和管理項目的實施過程、檢查項目的進展、考核項目的真實效益和評價項目的實際成果，減少形式主義、表面文章及弄虛作假。要健全和嚴格執行財務制度，堵塞管理漏洞，減少立項部門或者承擔部門可能發生的違規、違紀乃至違法的情況。
第二，進一步注意提高人的全面素質。科技強國的前提和基礎是人才強國，建設創新型國家的前提和基礎是建設學習型社會。在同樣投入情況下，可能產生不同的，甚至很不相同的自主創新效益。問題在哪里？主要在于人的全面素質不同。這里不僅指直接從事創新活動的科技和研發人員的素質，還包括公務員素質、企業家素質和操作工人素質。我國為數不少的企業家舍得投資技改，大量進口國外現代制造裝備，低成本快速仿制剛進入市場，并開始熱銷的低技術、短平快新產品，但是舍不得投資研發自主技術或高新技術產品，舍不得雇用高層次研發人員，舍不得投資培訓操作工人，有的甚至舍不得花錢花時間培訓自己。政府已經注意投資加強職業技術教育，加強農民就業技能培訓，這是完全必要的。但是誰應該為企業里大量農民工的培訓埋單？誰應該為企業家自身素質的提高埋單？不是政府，是企業家。為了鼓勵企業家主動地這樣做，或者迫使企業家被動地這樣做，政府有必要采取一些激勵性政策。企業的技改費用不宜列入研發費的范圍，但是給包括勞資雙方人員的培訓費以與研發費同樣的優惠政策是有其合理性的。要進一步加強公共學習平臺的建設力度，大力投資基于網絡的、公益性的遠程培訓資源建設，大力推廣便于全民參與和接受的、免費的創新科學技術普及和創新文化精神熏陶。初看起來這是最無直接效益的投資，不過如果做得好，這對提高國家的自主創新能力，實現國家的可持續發展會是一本萬利的。智力引進主要指亟需、關鍵、緊缺的高科技拔尖人才的引進。作為人才主體的大量高素質公務員、科技人員、企業家和員工主要應立足于就地培養，這不僅是可能的，也是保持地區平衡發展、社會穩定和就業所要求的。
第三，進一步注意加強對中小企業自主創新的支持力度。為實現“重點跨越”往往首先把目光投向大型企業和研究機構，這沒有錯。不過切不要因此對中小企業的自主創新有絲毫忽視。這既是許多地區情況所需，也是許多國家發展自主創新的成功經驗。“面”是生長新的“重點”的土壤，“重點跨越”與“點面結合”并不矛盾。大型企業擁有較強的自主創新能力和較好的產學研合作條件，政府支持建立區域創新服務體系應主要面向中小企業和產業集群。區域創新服務平臺建設既要積極又要慎重，不要刮風，不要追求形式和炒作，而要在深入調研基礎上，根據區域、行業特點和服務對象的需要，提供智力和財力的精心策劃。區域創新服務平臺的體制和運行模式可以多樣化，并在探索和實踐中不斷總結、改進和完善。總之，要講究實效，摸索一些適合中小企業實際的經驗和規律。要在政策上更加鼓勵海歸科技人員和高校畢業生創建和發展以自主高新技術產品為主的科技型中小企業，通過著力培育，寄希望于從中產生明天的大企業、新重點和重點跨越的主體。
