目前，管理科研經費的部門主要有國家發改委、科技部、科學院、教育部、自然科學基金委以及一些相關部委，這些部門各自為政，導致科研經費不能合理有效地使用。對此，九三學社中央委員、中國科學院院士、清華大學教授王志新認為，進行科技體制改革，首先要改革科研經費管理模式。
王志新認為，科研經費總體上可以劃分為基礎研究、應用基礎研究以及應用研究三部分?；A研究經費由自然科學基金委管理，主要投入到研究型高校，用于穩定一支高水平的科學家隊伍和培養各個領域、行業所需的高級專業人才?？梢愿鶕芯可逃团囵B高層次人才的需要確定基礎研究經費在整個R&D中所占的比例。例如，在生命科學領域，美國培養一個博士研究生每年需要大約50萬元人民幣，香港約為30萬―40萬元人民幣。假定我國在校生命科學博士研究生為2萬人，每人以10萬元人民幣計算，則每年需要20億元人民幣。此外，研究生導師的工資和管理費約需10億元人民幣/年。因此，每年在生命科學領域的基礎科研經費投入應為30億元人民幣左右。以此類推，就可以計算出我國基礎研究每年所需的總經費。根據其他國家的經驗，這部分經費應占整個R&D的15%至20%。應用基礎研究經費應由隸屬于科學院和相關各部委的國家實驗室進行管理，主要通過招投標方式，組織研究院、所以及高等院校的科研人員，對一些國家需求和生產實踐中所提出的重大問題進行科技攻關。雖然應用基礎研究目標明確，但不能馬上產生經濟效益，企業往往不能或不愿對這類研究投入較多的時間和經費，其經費來源仍以國家財政為主。應用研究經費應由國務院相關部委負責管理，主要支持大、中型企業進行研發。由于應用研究與生產、市場密切相關，企業就成為應用研究的主體。這部分經費不應再投入到高?；蚱渌菭I利性研究機構，而應直接投入與生產密切相關的企業，同時促使目前在事業單位從事應用研究的科研人員向企業流動。
王志新對科技和高等教育科研經費的使用提出五點建議。一、為了保證離退休人員的利益以及改革的順利進行，應將現有的各單位事業費撥款固定，主要用于離退休人員的工資、醫療費以及改革中所遇到的一些問題?，F有各單位的事業費基本上是按人員比例撥付，對于大部分上世紀五十年代成立的事業單位來說，這部分經費基本上僅夠支付離退休人員的工資和醫藥費。二、國家用于基礎研究、應用基礎研究的經費應當統籌規劃（包括863、973、科學院知識創新工程、教育部985、大型基礎設施平臺建設以及各類攻關項目等由國家支出的經費），并將研究生教育經費納入基礎研究經費統一管理，與大、中、小學的教育經費分開。在美國，教授所申請到的科研經費大約有60%―70%是用于支付研究生的學費、獎學金以及博士后工資等費用。三、目前，事業單位機構改革所遇到的最大難題是哪些機構應該撤銷，哪些人員應該分流。在科研領域中，可以通過實行新的科研經費管理模式來實現。在研究人員獲得科研經費的同時，科研經費管理部門還應該給科研單位匹配相應的管理費，用于科研支撐體系的運行和支付主要固定人員（如課題組長、實驗輔助人員、管理人員）的工資。根據國外經驗，科研經費與管理費比例通常為2:1。這樣，國家不必向任何現有的科研單位另行撥付固定的運行費，一個單位運行費的多少完全取決于其所聘用的研究人員爭取到的科研經費的多寡；而且，經過一段時間，爭取不到科研經費的單位和人員將自動被淘汰或分流。
一般來說獲得終身副教授以上職位的教員同時獲得長期聘任合同。進入終身教職系列人員的各項待遇均應高于未進入系列的正教授，包括招收博士研究生資格，全部工資由學校出，不與其申請的經費掛鉤。未進入終身教職系列的人員按照現有的合同制聘任，不能獲得長期聘任合同。五、成立全新模式的國家實驗室和國家工程中心。根據國家需求，負責規劃和組織本領域的研究項目，解決具有行業普遍性、全局性的應用基礎研究問題，而目前企業不愿承擔或無力承擔這些基礎研究。經費應由財政部全額撥款，由科技辦公室組織有關部門及專家對其進行定期評估，并決定下一階段經費比例。
王志新最后強調，要建立公平、公正、合理的科研經費立項、申請、評審、考核機制。關于這一點，國家自然科學基金委做得比較好，應在實踐中繼續完善。科技部和其他各部委所管理的經費，如有可能，也應采取基金會的管理模式，避免不公平競爭。
